Fatta la purificazione del tempio, Gesù si trattenne a Gerusalemme per i sette giorni della festa di Pasqua. Ne approfittò per annunziare nella città di Davide il suo messaggio sul Regno di Dio e fare molti miracoli fra il popolo. Molti credettero in Lui, e tra costoro anche alcuni scribi o dottori della legge della potentissima setta dei farisei, e un certo Nicodemo, scriba e fariseo anche lui nonché membro del tribunale ebraico, cioè il Sinedrio. Questi, desiderando di saperne di più su quel Regno di Dio, che Gesù annunziava imminente, andò a trovare Gesù, anche per incarico di alcuni suoi colleghi, ma «di notte», per sfuggire al controllo stretto che alcuni membri del Sinedrio esercitavano su Gesù, e così evitare noie personali. L'evangelista Giovanni narra il colloquio che i due ebbero e del quale mette in evidenza che fu come uno scrigno prezioso, ripieno di meravigliosi gioielli, cioè di profonde verità, da cui si irradiano lampi di luce.
«Rabbi», cioè Maestro, fu il saluto che Nicodemo rivolse a Gesù: « noi sappiamo che sei un dottore venuto da Dio», quel dottore che noi attendiamo e che possa insegnare al popolo la via di Dio, « perché nessuno può fare i miracoli che fai, se Dio non è con lui».
Gesù, leggendo nell'animo del suo interlocutore, evita ogni preliminare e va deciso a dare la risposta alla domanda che Nicodemo aveva in animo di fargli.
«In verità, in verità, ti dico che, se uno non è nato di nuovo, non può vedere il Regno di Dio», cioè non può vivere e gustare l'esperienza del Regno di Dio. Questa perentoria affermazione sconcerta Nicodemo, che pensa: Nascere di nuovo! E' una parola.
«Come può un uomo, quando è vecchio come me, nascere di nuovo? Deve forse entrare di nuovo nel seno di sua madre e nascere?».
A questo grossolano equivoco del suo interlocutore, Gesù non risponde, ma precisa con più chiarezza e altrettanta perentorietà che:
«In verità, in verità io ti dico che se uno non è nato d'acqua e di spirito, non può entrare nel Regno di Dio».
Il fattore ingresso nel regno di Dio non è la nascita naturale ma "l'acqua", cioè l'immersione o battesimo, e lo Spirito Santo, che santifica il battezzato e lo rende figlio di Dio. Tale "nuova nascita", perciò, è essenzialmente diversa dalla nascita della vita naturale e terrena, perché, gli fa presente Gesù: «quel che è nato dalla carne è carne (cioè ciò che è terreno, terreno resta), mentre quello che è nato dallo Spirito è spirito».
Man mano che il pensiero di Gesù di precisa e sviluppa, cresce la meraviglia di Nicodemo, per cui Gesù subito gli dice:
«Non ti meravigliare quindi se ti ho detto... Il vento spira dove vuole e tu ne odi il rumore, ma ignori donde venga e donde vada. Così è di chiunque è nato dallo Spirito». La "nuova nascita" è impossibile vederla in se stessa, la si riconosce solo dai frutti di pace, giustizia, amore e serenità.
Nicodemo sbalordito e abbagliato da queste parole di Gesù, come da un lampo di luce che improvvisamente lo abbia colpito, esclama:
«Come possono avvenire queste cose?»
Gesù gli risponde: « Ma come, tu sei dottore in Israele, (e per questo tuo ufficio di conoscitore della legge hai la missione di condurre le anime al regno di Dio), e ignori queste cose?», cioè la via da seguire, d'altronde predetta dai profeti (Gioele 2, 28; Ezechiele 36, 25-27; Isaia 65, 17)? Tu chiedi come si possa compiere il mistero di questa nuova nascita soprannaturale, celeste, senza renderti conto che la stessa generazione naturale, terrestre è altrettanto misteriosa. Gesù sembra dirgli: tu vedi germogliare un grano di frumento, crescere una quercia, fiorire una rosa; ma quale è la forza vitale che produce tale nascita, tale crescita, tale fioritura? Tu lo ignori e pretendi allora di penetrare il segreto della generazione interiore, spirituale per opera dello Spirito di Dio? Ciò non è possibile. Tu devi credere a me perché:
«In verità, in verità, ti dico che noi parliamo di quello che sappiamo e testimoniamo di quel che abbiamo veduto», poiché io sono il figlio unigenito di Dio, che prima di venire su questa terra ero nel cielo col Padre.
E «Iddio, il Padre, ha tanto amato il mondo; che ha dato il suo Unigenito Figliuolo, affinché chiunque crede in Lui non perisca ma abbia vita eterna... Ma voi non ricevete la nostra testimonianza», perché « se non credete, quando vi parlo delle cose terrene, come crederete se vi parlerò delle cose celesti?» Ed io sono qui « non per giudicare il mondo (condannare il mondo) , ma perché il mondo sia salvato per mezzo mio».
Infatti sono qui come « luce», ma «gli uomini amano le tenebre più che la luce, perché fanno cose malvagie e chi le fa odia la luce, affinché le sue opere non siano riprovate ». Quindi, il mondo si condanna da sé. « Ma chi viene alla verità viene alla luce (conclude Gesù il suo incontro con Nicodemo), affinché le opere sue siano manifeste, perché sono fatte in Dio».